El surgimiento de nuestro Centro, data de la década de los cuarentas en las instalaciones de la Escuela Nacional de Ciencias Biológicas, específicamente en el laboratorio de Desarrollo de Productos Naturales y con el estudio de plantas mexicanas a cargo de los doctores Manuel Castañeda y Luz María del Castillo. Posteriormente, este laboratorio fue ubicado como una dependencia de la Comisión de Operación y Fomento de Actividades Académicas, ya con el nombre actual. Así, en 1984, mediante el acuerdo correspondiente del Consejo General Consultivo, se le dio el reconocimiento de centro de investigación.

A 34 años de tal acuerdo, ha crecido enormemente en términos de población (investigadores, personal de apoyo y alumnos); al inicio había una población cercana a 50 personas y en la actualidad convivimos en el centro, alrededor de 350 personas; las instalaciones ocupaban menos de 500 m2 y hoy tenemos 5713 m2 de construcción.

El CeProBi está organizado en cuatro departamentos de investigación: Biotecnología, Interacciones Planta–Insecto, Desarrollo Tecnológico y Nutrición y Alimentos Funcionales, que realizan investigación y docencia de alto nivel en el campo del desarrollo de productos bióticos de México, esta actividad se realiza desde tres líneas de investigación: biotecnología vegetal, protección vegetal y estudio y aprovechamiento de biomoléculas. Cuenta además con dos departamentos de apoyo y administración y tres unidades: Unidad Politécnica de Integración Social (UPIS), Unidad de Informática (UI) y la Unidad de Tecnología Educativa y Campus Virtual (UTECV).